Fusion-io助力圣地亚哥超级计算机中心生物研究

Fusion-io日前在德国的超级计算大会上宣布，在圣地亚哥加州福尼亚大学Fusion-io同圣地亚哥超级计算机中心(SDSC)合作进行的Protein Data Bank(PDB)研究中，Fusion-io的技术用在生物信息领域，实现了MySQL数据库查询性能的显著提升。SDSC的研究人员表示，在他们的数据库基础设施上使用Fusion-io技术替换硬盘(HDDs)之后，数据库的查询时间从30分钟缩短到3分钟。

SDSC是一家美国圣地亚哥加州大学的一个调研机构，该机构将Fusion的 ioMemory技术用于其数据密集型计算。作为这一举措的一部分，研究人员正使用该技术来推进Protein Data Bank的研究，这是世界上最大的存储大型分子和核酸三维结构的储存库。该研究的实施能够加快救生药物用于药物和对疾病的其它疗效的开发。

SDSC的Allan Snavely表示：“由于SDSC致力于成为具有卓越研究成果的研发中心，所以我们更注重评估基于闪存的技术如何改进科学探索。通过研究，我们发现Fusion-io所提供的存储产品比硬盘的处理速度更快，能够满足很多大容量内存和密集型数据的处理需求，并且基于闪存的存储内存能够实现超高的计算性能。”

使用部署了Fusion技术的服务器，研究人员能够缩短复杂的MySQL数据库的查询时间，而这能够确定蛋白质和目标蛋白质相互作用的关系。使用传统的硬盘，对超过2亿个蛋白质结构的一次查询分析要花费30分钟的时间。

SDSC计算科学家和Gordon Applications 的负责人Robert Sinkovits表示：“采用Fusion的共享数据分散技术，存储内存介质就能够恰好位于处理器的附近，从而极大地降低了延迟并提高了处理速度，处理上述同样的查询只花费3分钟。”

与Allen Snavely一起开展研究工作的Spencer Bliven（毕业于加州大学圣地亚哥分校的生物信息学和系统生物学学院）表示，“PBD帮助我们对生物科学的基础课程获得了更加理论和实际地认识和理解。在测试中我看到，使用Fusion的ioMemory技术大大减少了查询时间，这样我就能够将精力更多的关注于研究。这就使得科学探索的过程更加具有自发性，并且有助于我们显著消除潜在的错误。”

用于实现性能提升的计算机包含两个四核Intel Xeon E5530 2.40 GHz处理器和48 GB的DDR3-1066内存。安装有4个320 GB的ioDrives和配置了运行XFS文件系统的单个1.2 TB RAID 0设备。

Fusion-io的首席技术官Neil Carson表示：“将关键数据存储到处理这些数据的服务器上能够极大的提升大型数据集的分析，从而促进新的科学探索。我们很高兴，SDSC利用Fusion-io的技术显著提升了性能和降低延迟，从而推进了复杂的生物研究。”